Hace siglos, la foca monje vivía en grandes colonias en bancos de arena o y playas a cielo abierto. Sin embargo, debido a la destrucción de este tipo de hábitat y a la persecución y molestias que han sufrido, actualmente usan cuevas inaccesibles y recónditas en todo su área de distribución, incluido el archipiélago de Madeira.

Su hábitat original era todo el archipiélago de Madeira, tanto la isla principal, como las islas Desertas.