1. Vigilancia del estado de conservación de la especie y de su hábitat
La foca monje ha comenzado a recolonizar la isla principal de Madeira, lo que está derivando en interacciones de la especie con actividades humanas como la pesca y actividades marítimo turísticas, principalmente el buceo y la observación de cetáceos, sin contar con las interacciones que se producen con la población en general. La vuelta de la foca monje en Madeira, hace que sea necesario el desarrollo de un sistema de vigilancia que permita seguir la evolución del estado de conservación de las poblaciones y de su hábitat, de acuerdo con una nueva realidad que tiene que ser estudiada en mayor profundidad.
2.Interacción con la pesca
Aunque los pescadores tienen actualmente una mayor conciencia en relación a la protección de la foca monje, todavía existen registros de interacciones negativas entre la especie y la pesca. Considerando el tamaño reducido que tiene la población de foca monje, estos registros son una amenaza para la especie.
3. Interacción con las actividades turísticas
Las actividades turísticas que se desarrollan en el mar, están en pleno crecimiento en Madeira. Una conducta inapropiada frente a la foca monje por parte de algunos observadores turísticos, principalmente durante el seguimiento y aproximación a los animales para una mejor observación e interacción con los animales, puede causar perturbación a los mismos y/o producir accidentes. Estas situaciones son las que pueden constituir una gran amenaza para el trabajo de conservación de la foca monje en la región. Actualmente la especie y su conservación, cuenta con un fuerte apoyo de los maderienses, la ocurrencia de accidentes podría revertir dicho apoyo.
4.Interacción con los ciudadanos
De una manera generalizada, los ciudadanos maderienses ven en la foca monje un animal dócil con el que se puede interactuar. Siendo la foca monje una especie cada vez más frecuente en zonas de baño, esta manera de pensar puede provocar accidentes con los bañistas. Este tipo de situaciones, podrían llevar a revertir el enorme apoyo que actualmente existe por parte de los maderienses en la conservación de la foca monje.
5. Basura marina
La acumulación de basura en las playas y cuevas pueden contribuir en la degradación de la calidad del hábitat y aumenta el riesgo de accidentes de enmalle de los animales, principalemente de las crías y los jóvenes en la basura marina (redes, cuerdas, plásticos, etc.). Es frecuente observar juveniles jugando con la basura que flota en el mar.
