Há séculos atrás, o lobo-marinho vivia em grandes colónias em bancos de areia ou praias em céu aberto. Contudo, devido à destruição deste tipo de habitat e à perseguição de que foram alvo, atualmente usam grutas inacessíveis e recônditas em toda a sua área de distribuição, incluindo o arquipélago da Madeira.

O habitat original do lobo-marinho no arquipélago Madeira incluía a ilha principal da Madeira e as Ilhas Desertas.